SNPジェノタイプ2x3テーブルからトレンドテスト

  • SNPジェノタイプ2x3表があるとする。
  • アレル本数0,1,2本に関するトレンドテスト。
  • 今、2x3表のケースコントロール合算ジェノタイプカウントについて、ヘテロ人数がH、総人数がN、全体での2アレルの頻度がp1,p2とする。
  • このとき、F=1-\frac{H}{2Np1p2}
  • 今、この2x3テーブルから、アレルに関する2x2表を作り、その2x2表についてのカイ自乗値がCだったとしたら、トレンドテスト統計量(トレンドカイ自乗値)は、
  • \chi_{trend}=\frac{C}{1+F}=\frac{C}{2}-\frac{H}{2Np1p2}
  • Armitage-Cochranトレンド統計量は、Nに関する補正がなされて、\chi_{Armitage}=\frac{N-1}{N}\times~\chi_{trend}
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