2アレル多型が２つある。そのアレル頻度をそれぞれp1,p2,q1,q2とする 連鎖平衡の下での４ハプロタイプの頻度をh1,h2,h3,h4とする Singularを使ってやってみる ring p=0,(p1,p2,q1,q2),lp; ring h=0,(h1,h2,h3,h4),lp; setring p; map f = h,p1*q1,p1*q2,p2*q…

こちらから 2アレル多型の２つのアレルの頻度をそれぞれp1,p2とする HWEの下での3ディプロタイプの頻度をg1,g2,g3とする の関係にある g1,g2,g3には制約関数があるが、それを代数アプリケーションSingularで求めてみる ring p = 0,(p1,p2),lp; ring g = 0,(g…

こちらで代数統計をやっている論文を読んでいる マルコフ基底の計算はSingularでやっている(そのインストールなどはこちら) Triangulationの計算はMacaulay2でやっているので、それもインストールしてみる その前にそもそもTriangulationとは 日本語言えば「…

レジデント初期研修用資料 内科診療ヒントブック 改訂2版作者: medtoolz出版社/メーカー: オーム社発売日: 2012/11/23メディア: 単行本（ソフトカバー）購入: 1人 クリック: 32回この商品を含むブログ (2件) を見る こちらとこちらは大変ためになる(他の記事…

こちらで扱う論文の"Take-home-message"を作るためのメモ 論文 理論説明論文 この論文で学ぶこと 代数統計について その何者か その統計解析における位置づけ こちらを参照 Fitness landscape こちらに掲載 Epistasis 変異組合せと行列・アレイ Genotope:Gen…

こちらでもリンクしたこちらの話しの自分なりのリ・フレーズ イデアルについてはこちらを k次元分割表があって、第i軸のカテゴリ数がで、表全体として個のセルがある log-linear modelでの各セルの頻度は,ただしは第i軸の第カテゴリの頻度で表される ある観…

毎年、秋にジュニアキャンパスと言うのがある＠京大(こちら) 2013年度はどうする？(こちらで内容を適宜アップデート(予定)) パーソナライズド・メディシンの基礎となるかもしれない、「確率的な情報提供」のfeasibilityを中学生と考えてみる？ 診断結果・治…

代数統計でトーリックモデル log-linear modelらしい トーリックをお話し風に：こちら トーリックと分割表：こちら トーリック多様体：関連リンクいろいろ

ソフトウェアのインストールが済んで、簡単なことができるようになったので、環を扱ってみよう > ring myring = 32003,(x,y,z),(dp,C); のように"myring"という名前の環を定義する 以下が定義の３要素 coefficients, names_of_ring_variables,ordering ring …

代数統計はデータの構造(グラフや群環体)に注目してデータを把握しようとします 便利なソフトウェアもあります 多項式、可換環論、計算機代数幾何。代数統計にとても便利だ、というSingularを使ってみる Singularのサイト ダウンロードはこちらのcygwinバー…