Rを用いてメタアナリシスをしてみよう。Rのバージョンは少し古いが・・・ 実行手順マニュアルは理研 遺伝子多型研究センター関節リウマチチームのホームページのこちら RのWikiにもリンクを張ろうと思ったら、すでにどなたかによってリンクが張られていまし…

論文はこちら ソフトウェアTreeLDのダウンロードはこちらから ベイズ ケース・コントロールを併せてＡＲＧを構成する Chromosomal sharing backwards in time ＡＲＧの複雑なグラフ構造の起源はrecombinationであり、recombinationの影響を受けていない限局…

論文はこちら Rannalaと似ている部分は多い 差は Intra-Allelic Coalescent Model か Shattered Coalescent Modelか 後者では、変数を用いて、樹形図を複数の木に分離し(現実世界のハプロタイプの継承関係に近づけている(ことにしている)) 複数の責任変異を…

論文はこちら ベイズを使った確率モデル 責任変異の位置とAncestral haplotypesを推定する 近接領域に複数の責任変異を推定する 物理距離と遺伝的距離には既知の換算式(Haldane's map function)を使用 組換えの発生はPoisson過程を使用 それぞれの責任変異の…

論文はこちら 領域にマーカーが分布している 領域には組換え率が変数として与えられる。この組換え率変数は推定の対象となる 世代を遡ったハプロタイプからある線分(マーカーによって区切られる)を継承しているということを次のように条件付ける 継承線分両…

論文はこちら 隠れマルコフについてはMcPeekの論文の記載を参照 MCMCについての記載はLiuの論文の記載を参照 セクションを切って記載してあるのは マーカーに変異を許すこと Phenocopyを取り扱うこと 組換え率の分布を位置によって非均一にできること

論文はこちら 木の作成は単純。その木が正しいものとして、責任変異の位置を尤度を用いて推定する方法 領域にマーカーが分布している 隣同士のマーカーが作る線分(2マーカーによるハプロタイプ)を対象にする 疾患責任変異は、いずれかのマーカー間に存在する…

Lam, J.D. et al.(2000) 論文はこちら 記事はこちら Parsimony と尤度 星型樹形図 Morris, A.P. et al.(2000) 論文はこちら 記事はこちら ベイズ 隠れマルコフ過程(簡易解説はこちら) MCMCによる事後確率推定 星型樹形図 McPeek,M.S. et al.(1999) 論文はこ…

論文はこちら ベイズ、MCMCなどについては前後の論文記事を参照のこと パラメタリスト 既知パラメタ 染色体のHaplotype型 対象集団のDemographic parameters 疾患染色体率 人口増加率 変異発生時刻 各マーカーのアレル頻度(健常染色体を母集団とする) マーカ…

参考文献 独立ローカスのペアリング ロジスティックリグレッション Neural networks(ロジスティックリグレッションの非線形化) Set association CPM (combinatoiral partitioning method) MDR (Multifactor dimensionality reduction) Recursive partitionin…

haplo.statsの利用をHploviewフォーマットのテキストファイルにデータがあるものとして記載してきたが、それをＲのバッチ処理でつなぐための、簡易雛形は、姉妹サイトryamadaのコンピュータ日記で。

データの準備 個人別ジェノタイプデータ・その他の個人別データ・遺伝子多型ラベルデータ テキストファイルからの作成は、haplo.em, haplo.gmlとほぼ同様なので、詳しくはそちらを参照 #genotype情報の取り込み geno<-read.table("genotype.txt",FALSE,"\t")…

haplo.scoreの行うこと ジェノタイプデータよりハプロタイプ推定を行う 推定したハプロタイプとその他の因子(フェノタイプ・ハプロタイプと無関係のジェノタイプなど)との関連をスコア統計量を用いて検定する 「その他の因子」はbinomial, ordinal, quantita…

必須引数は、前項『Ｒのhaplo.statsの使い方(８)』を参照のこと その他の実行条件パラメタ haplo.gml.control関数で定義されるパラメタ haplo.effect:保有ハプロタイプ本数の効果。0はadditive,1はdominant,2はrecessive。デフォルトではadditive haplo.base…

必須引数 データ,mydata(データ型はmodel.matrix:後述) 式(たとえば、y~x1+x2; mydataのカラムにy,x1,x2があり、x1とx2とを独立変数、yを従属変数として解析する場合。ただし、今回のジェノタイプデータの場合には、後述のような方法により、xiに複数の多型…

haplo.glm haplo.glmはhaplo.statsの１関数 個人別のUnphasedジェノタイプデータとフェノタイプデータから、ハプロタイプフェージングをした上で、ハプロタイプとフェノタイプとの間の関係を一般線形モデルで解析するものである 参考文献は：Estimation and …

Haploviewの"xxx.ped" ファイルと"xxx.info"ファイルとがある場合に、そのファイルのあるディレクトリを指定し、haplo.statsの"haplo.em"関数の実行用ファイルを作成するperlのコード Ｒコンソール上で、上記ファイルを読み込み、haplo.emの結果を表示する関…

推定アルゴリズム ＥＭベース ＥＭとの相違は、 推定の過程で、設定閾値に満たない頻度のハプロタイプを除去する 推定の初めから、全多型の作るハプロタイプ空間を相手にせずに、解析多型数を増やしながら進める(SNPHAP by David Clayton http://www-gene.ci…

haplo.statsは、S-PLUS/Rのプログラム群で、フェーズ未知のdiploidジェノタイプデータから、ハプロタイプ推定を行い、その推定結果を用いて、関心フェノタイプとの関連を検定する。 エッセンスはこのページno title 詳細はこちらno title パッケージ"haplo.s…

実行条件パラメタ リスト 多型を順次組み入れながら進めるが、その組み入れにあたっての順序(loci.insert.order) 多型の組み入れにあたって、一度にまとめて組み入れる多型の数(insert.batch.size) 稀すぎるハプロタイプを省きつつ進むが、その閾値事後確率(…

疾患感受性多型解析において、候補部位を連鎖不平衡ブロック単位に絞り込むことは、ブロックの定義につき若干の議論の余地を残しているとはいえ、問題なく行えると言ってよいであろう。不平衡ブロックに認められた感受性の由来多型の同定は、分子生物学的・…