ソフトウェアのインストールが済んで、簡単なことができるようになったので、環を扱ってみよう > ring myring = 32003,(x,y,z),(dp,C); のように"myring"という名前の環を定義する 以下が定義の３要素 coefficients, names_of_ring_variables,ordering ring …

代数統計はデータの構造(グラフや群環体)に注目してデータを把握しようとします 便利なソフトウェアもあります 多項式、可換環論、計算機代数幾何。代数統計にとても便利だ、というSingularを使ってみる Singularのサイト ダウンロードはこちらのcygwinバー…

代数統計はデータの構造(グラフや群環体)に注目してデータを把握しようとします 便利なソフトウェアもあります 『Algebraic statistics for computational biology』：Part I(基礎)２計算機科学より 目次はこちら 2.5 ソフトウェア 数学ソフト "4TI2" 非負整…

目次はこちら 4.1 ゲノム 4.2 データ 4.3 問題 4.4 生物学の配列の統計モデル 4.5 変異の統計モデル

目次はこちら 代数統計学では『統計モデルは代数多様体』とする 代数多様体(algebraic varieties)とはこちらにあるように "多変数の連立多項式系の解集合として定義される図形" 例：Hardy-Weinberg Equilibriumが作る３角形内の曲線 表現方法２つ (連立)方程…

目次はこちら 離散アルゴリズムは数値アルゴリズムと並び立つもの。数値アルゴリズムは前章のEMもそうだし、固有値分解もそう。離散データには離散アルゴリズム 2.1 Tropical arithmetic と動的計画法 動的計画法はだんだんに必要なものを積み上げて解に到達…

Algebraic Statistics for Computational Biology作者: L. Pachter,B. Sturmfels出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2005/08/22メディア: ハードカバー購入: 1人 クリック: 9回この商品を含むブログを見る 目次はこちら いわゆる統計学の考…

Algebraic Statistics for Computational Biology作者: L. Pachter,B. Sturmfels出版社/メーカー: Cambridge University Press発売日: 2005/08/22メディア: ハードカバー購入: 1人 クリック: 9回この商品を含むブログを見る 4塩基ATGCが作る四面体、塩基配列…

この記事は、こちらに書き直しました 2次元分割表のセルに自由度次元空間のベクトルを対応付ける話は、こちらでした こちらでは代数統計学の一環として、多次元分割表の取扱いについてメモした 外積代数については、こんなメモもした さて、これらをつなげて…

目次はこちら 放物線などが出てくる これと重なる・つながる

目次はこちら こちらでマルコフ基底の話が出た ここでは、Hierarchical modelsでのマルコフ基底について 複体(Simplicial complex)(こちら) 複体が登場するのは、因子の関係を任意に行いつつ、因子間関係が独立な場合に、確率の積で取り扱うために便利だから…

目次はこちら こちらでm次元分割表の正確確率検定の話、そして、そのp値計算のために、与えられた周辺度数を満足するテーブルの集合があった そして、その集合を動き回るための基底としてのマルコフ基底が登場した ここで、「テーブル集合」はマルコフ基底に…

目次はこちら こちらやこちらも参考 独立な分割表の確率行列のランクは１ Nr<-sample(2:10,1) Nc<-sample(2:10,1) library(MCMCpack) Pr<-rdirichlet(1,rep(1,Nr)) Pc<-rdirichlet(1,rep(1,Nc)) Pmat<-t(Pr) %*% Pc Pmat qr(Pmat)$rank m次元分割表の正確確…

Lectures on Algebraic Statistics (Oberwolfach Seminars)作者: Mathias Drton,Bernd Sturmfels,Seth Sullivant出版社/メーカー: Birkhauser Basel発売日: 2008/12/10メディア: ペーパーバック クリック: 18回この商品を含むブログ (2件) を見る 駆け足で読…