Most recent common ancestor文献メモ

• 文献
• この論文で用いられているグラフ理論の用語や指標はこちら
• 染色体のタイプ別
  
  • Maternal line: Mitochondrial DNA
  • Paternal line: Y染色体(但し、psuedoautosomal region等を除く)
  • その他(Autosomal chromosomes)
• Random mating モデルでの試算
  
  • 染色体のタイプ別とmost recent common ancestorまでの世代時間(単位は世代)
    
    • Population sizeをとする
    • Maternal/paternal lines:
    • Autosomal line:
  • Most recent common ancestorは大雑把にどのくらい前か？
    
    • 100万人の集団のmost recent common ancestorはautosomal lineとして20世代前(紀元(後)1400年)くらい、maternal line としては50,000倍前(1,000,000年前とか)・・・あくまで人口動態等を簡単なモデルとしての計算上の数値
  • Identical ancestors pointはどのくらい前か
    
    • (単位は世代)
• 集団が亜集団に別れ、亜集団内でランダムメイティング・亜集団間でmigrationがあるとした場合
  
  • 亜集団をノードに、migration関係にある亜集団ペアの関係をエッジとしたグラフを作成し、そのグラフについて半径・直径・デルタなどの指標を用いて、populationサイズ無限大を仮定すると、次のような関係になることが知られる
    
    • グラフの半径,直径,
      
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