2009-03-01から1ヶ月間の記事一覧
Human genetic variation and its contribution to complex traits. KA Frazer et al. nat reviews genet 10:241-251 2009 Classes of human genetic variants Single nuclectide variant Insertion-deletion variant Block substitution Inversion variant …
kd木 BSP木とバイナリ空間分割
平面図形を考える。平面に三角形を描く。同一の(合同の)三角形を描くためには、三辺の長さを決めるか、二辺の長さを決めて、その二辺の成す角の大きさを決めるか、一辺の長さとその両端の角度を決めるかすれば、一意に決まる。一意に決まる、ということは、…
PI-HATに関する元記事はこちら PI-HATの算出において、IBD=0の推定確率、IBD=1の推定確率、IBD=2の推定確率を算出し、それを用いるが、定義どおりの算出をすると、PI-HATの範囲が0-1の範囲に収まらなくなる。これを防ぐために、IBD=0の推定確率が１を超えた…
数多くの要素について、要素をノードで、要素間の関係をエッジで表したものをグラフという。 グラフはこの定義からもわかるように、図示することが本質ではない。 本質ではないけれども、図示することで、「全体が持つ情報を的確に捕らえる」ことの手助けが…
連鎖不平衡係数などの値を格納した、正方行列型の以下のようなテキストファイル、"hoge.txt"を作ったとする。 Ｒのimage()関数で、これをグレースケールで表したいとする。84段階表示なら HOGE<-read.table(file="hoge.txt") HOGEmatrix<-as.matrix(HOGE) q<…
こちら 3/17-19 天気 朝霧＆快晴 Platforms AB-SoLid3 Helicos SMS(Single Molecule Sequencing) Imumina Solexa-baseed Genome analyzer Roche 454 Targets Genome Epigenome Transcriptome Single cell Chronological change(Cancer-strains, Immunologica…
連検定 Runs' testというのがある。たとえば、成功と失敗のどちらかが起きるのを記録すると、成功と失敗とで作るシークエンスができる。成功にしろ、失敗にしろ、続いているときは、一続きとして、それを連と呼ぶことにする。成功から失敗へ、失敗から成功へ…
VGJもやはりよい。 VGJのサイトはこちら ダウンロードして、 1. コマンドプロンプトへ行って、 2. hogehoge\graph_drawing に入って、 3. java EDU.auburn.VGJ.VGJたとえば、Windowsで "C:\download\VGJ\graph_drawing"に置いてあるとすれば、以下のような２…
書式情報を入れてみる graph sample { N0 [color=red]; N1 [color=red]; N2 [color=red]; N3 [color=red]; N4 [color=red]; N5 [color=red]; N6 [color=red]; N7 [color=red]; N8 [color=red]; N9 [color=blue]; N10 [color=blue]; N11 [color=blue]; N12 [c…
ホームページはこちら Windowsで使うには、ダウンロードサイトから、Windows用の自己解凍形式のファイルを入手して、自己解凍に任すだけ。 デフォルトでは(WindowsXP)、"C:\Program Files\Graphviz2.20"にインストールされて、サンプルファイルが"C:\Program…
ホームページ 3月10日 並列処理と動的再構成技術 意思決定支援とデータ分析 コンピュータ将棋は止まらない−人間トップに勝つコンピュータ将棋− 数理モデル化と問題解決 音声・音楽情報処理 自然言語処理一般 圧縮・復元 ３月11日 チップマルチプロセッサと並…
招待講演：劣モジュラ最適化 京都大学数理解析研究所 岩田 覚さん Hypercubeの頂点とパワーセットの要素 最小値・最大値を多項式時間で探索・・・ 多型マーカーの部分集合の何かが？ ハプロタイプの部分集合の何かが？ 一般発表 shared Binary Decision Diag…
今、３本の染色体の間の関係を考える。３つの項が関係するので、３項関係と呼ぶことにする。今ある染色体A、染色体Bとが組み換えをし、変異をしないで、組み換え体Cをなしうるとき、と書き、組み換え体Cをなしえないときと書くことにする。 A,B,Cの関係には…
