Properties and rates of germline mutations in humans

• Properties and rates of germline mutations in humans
• 多型タイプ別のmutation rate
  • Single nucleotide variationsのmutation rate
    • およそ変異/塩基対/世代
    • 複数の解析アプローチで大体同じ
    • kは1前後
    • エクソンではkが高め(２くらい？)
  • Copy number variationsのmutation rate
    • 変異/世代　くらい(/塩基対でないことに注意)
    • CNVは１変異で1000塩基とか、大量の変化をもたらすので、「塩基対単位」での変異量はCNV >> SNV
  • その他のVariations : 情報少ない
• 変異が起きるゲノム上の位置
  • SNV
    • Transitions > Transversions
    • CpG dinucleotidesに集積(Cのメチル化)
    • タンパクコーディング遺伝子上・遺伝子周辺で高い(高GC,高発現遺伝子で高変異率)
    • 転写鎖 < 非転写鎖
    • 狭い領域にいくつも一度に起きる
  • CNV
    • おこりやすいホットスポットあり
• 親の性別と年齢
  • 新規SNVの76%は父由来
  • 父の年齢と新規SNVの数とは正の相関(指数関数的増加？)
    • 父の加齢：１歳で２個増加、16.5歳で２倍
  • ある遺伝子の場合、変異のある精子細胞(とその祖細胞)の方が増えやすい
  • 染色体の異数性(トリソミーとか)は母寄り
• de novo mutationsと淘汰・疾患