2010-01-01から1年間の記事一覧

自由度がペア数

こちらで、多変数の相関係数行列を扱っている その延長で三角不等式についてこちらに書いた 今日は、相関係数行列によって、因子のベクトルを書き表すことを考える 相関行列の要素のうち、変化させられる要素の数はなので、本のベクトル(が次元空間に置かれ…

生き物らしさ

粘菌―驚くべき生命力の謎作者: 松本淳,伊沢正名出版社/メーカー: 誠文堂新光社発売日: 2007/04メディア: 大型本購入: 3人 クリック: 61回この商品を含むブログ (24件) を見る 写真が美しく、誠文堂新光社さんらしい本 粘菌の一生 胞子 粘菌アメーバ←→鞭毛細…

鈍角三角形 鋭角三角形

こちらで、多変数の相関係数行列を扱っている 相関係数行列として適当な行列とそうでない行列があるので、「適当な」とはどういうことかを考えてみる 多変数の変数の数がn個のとき、各変数がn次元空間上の単位ベクトルとして表せて、2変数間の相関は2変数…

遺伝解析 ドライ入門

少し古いけれど、目次が参考になる。 Bioinformatics for Geneticists: A Bioinformatics Primer for the Analysis of Genetic Data作者: Michael R. Barnes出版社/メーカー: Wiley発売日: 2007/04/16メディア: ハードカバー クリック: 4回この商品を含むブ…

ゲームとして現象を整理しなおす

疾患をモデル化するときに、1人ゲームと2人ゲーム(とそれ以上の人数ゲーム)に分けるとする 1人ゲームとは、個体が、何かしらの条件を満足したときには、何かが起きるようなもの。多因子が重畳して(一次積み重ね)何かにいたる、というようなものや、複数要…

分布って…

こちらから 確率分布(Wiki) (Wiki) 分布をRで扱う(こちら) 分布の性質は、引数がいくつで決まるか(1つの引数で決まるもの、2つで決まるもの…) 個々の分布の特性は、こちらの右カラムにあるように以下の要素で決まる。この要素が何か、がわかれば、分布で何…

変化しながら動く、不自由に動く

こちらからの話題 ある空間においてk種類の分子が空間に存在している 空間の位置はベクトルでとして表すとする 各分子の濃度は位置の関数としてで表す 分子ととが出会うと、確率にて分子とに変化すると言う 場合によってはとに変化する、さらに]ととに。 こ…

色の決まり

コンピュータで色をつけるときには、指定の方法があります。 3原色の配合具合で作るRGB系(こちら)では、Red Green Blueのそれぞれに0,1,2,3,...,9,10=A,11=B,12=C,13=D,14=E,15=Fを対応させた16進数で2ケタ位の値(16^2=256通り(0,1,2,...,255))を与えて、配…

可塑性

こちらでタンパク質の変性をグラフで表してみている タンパク質の変性の可逆性、元に戻しやすいかどうかが、グラフが保有する情報で表せるのではないか、と考えている。 さて、遺伝子解析でこれをどう活かすか 遺伝子がネットワークを構築している ある状態…

可逆性と不可逆性

ばらばらな遺伝因子とばらばらな環境因子

あるフェノタイプが遺伝因子と環境因子の和で決まるとする 掲載図の上段は100人について、遺伝因子と環境因子の和の大きさを示したものである 赤は遺伝因子、青は環境因子 下段左端は遺伝因子についてのヒストグラム 下段中央は環境因子についてのヒストグラ…

平均・分散・歪度・尖度、モーメント

R

# (標本)平均 (sample) mean 標本の値を全部足して、標本の数で割る division of sum of all samples by the number of samples # 一般化する # 1次モーメント 1st moment 標本の値の1乗を全部足して、標本の数で割る division of sum of (all samples)^1 …

分散の話し 遺伝率

染色体領域のIBD数の推定と組換え位置の推定の関係

こちらの続き 親と子とのジェノタイプが染色体上に並ぶマーカーについて知られている 隣接する2マーカーのディプロタイプは、第1、第2のマーカーのアレル数がとすれば、種類ある ある個人のこの隣接2マーカーのディプロタイプのペアの場合の数は、 今、…

塵も積もれば〜レアバリアントにつながる話〜

0と1ばがりでできた分割表についてこちらに書いた 今日は、似ているけれど、ちょっと違う表データのこと サンプルが2群に分けられて、第1群、第2群、それぞれのサンプル数がA1、A2とする 観察項目がm個あって、それぞれの観察項目では、「あり」と「なし…

0と1ばかりな表 その2

ここはIBD?

IBD

ある領域について、父親がPA,PB、母親がMA,MBを持つとする 2人の子 C1,C2がいて、その子はC1A,C1B,C2A,C2Bを持つとする C1とC2はこの領域に関してどのようなパターンがあるだろうか? 2アレルとも、IBD: (diplo-)identical 片方がIBDで片方はIBDではない: …

0と1ばかりの分割表

N行M列の分割表があるとする とする とする はサンプル数でもある このとき、この分割表のピアソンのカイ二乗値は とも書ける これはとも書ける。疎な表(0が多い)ときはこの式は加算する項の数が少なくて便利 次のような分割表を対象とする 列の和はすべて…

分割表の「ひらき」

昨日の続き NxMの分割表を考える すべてのサンプルについて、(サンプル数)x(N+M)の表にデータを格納することとする 行数がサンプル数 すべての行には2つの1が立っていて、他は0 N列のうちのいずれかに1が一つ、残りのM列のうちのいずれかに1が一つ、と…

カテゴリカルデータ分割表の固有値分解

分散が集約されて共分散が小さくなる

ryamada本のR7-5.Rでは、固有値分解を実施している 固有値分解では、オリジナルの軸が説明する分散が10人並みなのに対して、固有値分解を施すことにより、説明する分散が大きい方から軸をとっている その図がこれだが そのようにして軸を取り直すことで、分…

固有値分解による分散共分散行列の変化

簡単なモデル

こちらの続き 有限な2次元格子空間を考える 時間経過は離散的な世代進行とする 各格子の状態は2値(0か1)とする 次世代のある格子点の状態は、現世代のその格子点の状態か、その格子点と隣接する格子点との状態によって決まるものとする 次世代の状態が…

2次元の浮動

伝達の浮動と組み換えの浮動

こちらから 個のハプロタイプが独立に遺伝的浮動するときには、アレル頻度がでが浮動する ハプロタイプが個の2アレル型多型(SNPのようなものもの、2アレル型=diallelic)でできているとき ハプロタイプの頻度は上記のとおり遺伝的浮動する この浮動は、ハ…

遺伝的多様性と医学

プレゼンテーションツールのpreziを使ってプレゼン資料を作る練習をしてみた 基本はこちらに書いた通り インターネットからダウンローダブルなテンプレートを使うことも考えたが、日本語版がないようなので、控えた preziの日本語フォントが今一つなのと、文…

遺伝的多様性と医学

3項関係

距離の話がここにある 距離は2つのアイテムの間に定められている ハプロタイプの遠近関係を考える 変異によって「遠く」なるとし、変異はおきても、元に戻る変異が起きないとすれば、「距離」は、変異数=異なる塩基箇所数が距離(ハミング距離) 交叉によっ…

ハプロタイプの距離

駆け足で読む『生物海洋学入門 第2版』

海洋生物に関する遺伝的調査… どれだけ読むか不明… 生物海洋学入門 第2版 (KS自然科学書ピ-ス)作者: 關文威,長沼毅出版社/メーカー: 講談社発売日: 2005/02/09メディア: 単行本(ソフトカバー)購入: 1人 クリック: 17回この商品を含むブログ (1件) を見る …