STATISTICAL ANALYSIS IN HLA AND DISEASE ASSOCIATION STUDIES IMGT/HLA database (EMBL-EBI) HLA Region Genetics in Immune-Mediated Diseases Zhernakova A, van Diemen CC, Wijmenga C. Detecting shared pathogenesis from the shared genetics of imm…

こちらを見た 自分と異なる発想に触れると考えが広がるのでありがたい ２座位の場合 座位１のアレル数,座位２のアレル数 ハプロタイプ種類数 ディプロタイプ種類数(父由来(paternal),母由来(maternal)を区別する) vector,matrix,array。「平衡」状態は掛け算…

疾患のモデル化をしている(こちら) 確率過程も別途行っている(こちらとこちら) 以下の本は、確率過程をリスク過程で実施するために利用可能な、利用されている事項が手際よく順を追って紹介されている(ようだ、まだ本を開いてめくっただけなので…)。 確率論…

説明は長くなり、この日の記事の組みひもから遠くなるので、この記事は別ブログのこちらへ引っ越し theta<-seq(from=0,to=2*pi,length.out=100) r<-seq(from=0,to=1,length.out=10) xy<-expand.grid(r,theta) plot(xy[,1],xy[,2]) x<-xy[,1]*cos(xy[,2]) y<-…

新版 組みひもの数理河野 俊丈遊星社発売日：2009-09ブクログでレビューを見る»大学教養・高校数学オリンピック向けの講義・セミナーを下敷きにした組みひもの話。群とか、わからなくても、どういう方向でひもの話を抽象化したいのか、ということを理解する…

ASHG2010@Washington DC 2010/11/02-2010/11/06 発現調節 染色体高次構造によるLong-range regulation(cis-effect):looping regulation 集団遺伝学 out-of-Africaとその木へのadmixtureの検出 1000Genome->Demographic inference of populations 関連情報 PL…

そのほかに ISBN:4622075482 で紹介された、考え方で印象に残ったものをいくつか列挙する Stern–Brocot tree(Wiki) すべての有理数を大小順に並べる ある意味ではのような 分割問題の相転移 ある集合を分けるとき、分け方を決めるのが簡単なときと難しいとき…

こちらで扱っている遺伝的浮動はアレルの伝達関係に関して、その本数・比率に着目したものですが、アレルの伝達関係を経時的グラフにすると、コアレセントと呼ばれる方法で扱うことができます。アンセストラル・リコンビネーション・グラフとか(こちら) 分水…

こちらから 遺伝的浮動においては、ドリフトアウトによって特定のアレルのみに固定していく 固定するのは、アレル頻度pから始まれば、かた方のアレルにpの確率で、もう片方のアレルに(1-p)の確率で固定する エントロピー的に考えればとなるだろう ドリフトア…

このブログからできた本に関して、前提知識として要求されている内容のリストとして、こちらによくまとめていただきました。 その通りだと思います。ありがとうございます。 あえて付け足すとすれば、グラフ理論もイメージが持てる方が良いかもしれません。 …

同定の現状と課題 どのくらいのリスクを持つのか 遺伝的背景の違い 環境要因の違い 組み合わせの解析 応用の現状と課題 先行する薬剤選択 その理由 診断応用 遺伝子組み合わせ 遺伝子多型以外との組み合わせ 遺伝子多型の機能性の確認 多型の機能差 １多型に…

疾患(ありか、なしか)のモデル 閾値モデル 遺伝的リスクを量的形質の量とする 確率的リスクモデル 単一遺伝子の場合 多遺伝子の場合 直列のモデル 並列のモデル カスケードのモデル ネットワーク状 遺伝子の組み合わせによるリスク SNPがk個あるときのジェノ…

量的形質のモデル 遺伝子間の相互影響を考えないモデル 遺伝要因と環境要因 単純な相加的モデル すべての遺伝子が相互に相加的 すべてのアレルが相加的 関与遺伝子数 (単一遺伝子病) 少数の遺伝子による(Oligo-genic) 多数の遺伝子による(Poly-genic) 重みを…

「複合」＋「遺伝性」＋「疾患」 疾患 個体が持ちうるフェノタイプのうち、そのフェノタイプを持つ個体が不都合であると感じる(場合によっては、そのフェノタイプを持つ個体とかかわりを持つ個体・集団が不都合であると感じる)ものである。多くの場合は、集…

分散という考え方 形質の分散は、独立な要因の分散に分解できる 要因が独立でないときは、単純に要因の分散に分解できない 遺伝率 遺伝因子の分散と環境因子の分散に分解する 量的形質と多数の因子(身長の場合) いくつの因子が関与するか その内訳は 遺伝因…

セントラルドグマ DNA mRNA タンパク質 機能性分子 セントラルドグマより多様 多段階 ジェノタイプとフェノタイプ 中間フェノタイプ バイオマーカーという中間フェノタイプ

優性・劣性遺伝形式 「何かがある」と「●が起きる」 「何かがない」と「○が起きる」 「ある」ものは、遺伝子発現したもの 質的に考えずに量的に考える 質的な評価(優性・劣性遺伝形式) 「何かがある」と「●が起きる」 「何かがない」と「○が起きる」 量的な…

似ることの原因が、物質の世代間伝達によること 遺伝子とは 染色体 核染色体 ミトコンドリア染色体 DNA 情報高分子 多型 DNA配列の違い 多型の構造分類 多型のサイズ分類 種の特徴の遺伝とメンデルの遺伝 種の特徴の遺伝 「多数の遺伝子の集合」と「多数のフ…

具体的にはどんなもの？ 少なからぬ人が罹患して(有病率が１％くらい〜数％・数10％) 1個の遺伝子が決定的に決めるわけではない 関与する遺伝子は複数 遺伝因子だけでは決まらない(環境因子も関与する) 確率的に決まる部分

M022 ゲノム科学と医療 第７回・第８回 2010年11月18日・25日(第６限) G棟セミナー室B スライドはこちら

一番小さいｐ値 n回の独立検定を考える その最小ｐ値の分布を考える ある値xより小さいｐ値が出ない確率は 今、十分に小さいxを考えるとき、の１次の近似を用いて、となる 一方、ある確率変数yがに従うとき、なる関係にある変数は、なる分布をとることが知ら…

システムバイオロジーは生物・生命現象を数多くの部品が構成するシステムとして取り扱う学問分野 たくさんの要素とそれに関するたくさんの情報から仕組みについて推定している システム工学を援用している、もしくは、システム工学の適用範囲を生命体に広げ…

マルチプルテスティングでは、たくさんのｐ値とその最小値を気にすることが多いです 最小値とは、いろいろな値が観察される中で、最も小さいものです その値を一次元軸で見ると、一番、「手前」にあるものです 時間軸と考えれば、「初めて起きる」ことです …

コンピュータを使う練習としてこんなことをしている。 整理する。 ２チームのゲーム メンバーの活用の仕方と勝率の関係がテーマ もう少し抽象的にする 資源があるとする 資源は有限であるとする 変えられることは、資源の使い方だけとする １個体の生命現象…

疾患のモデル化で多段階を持ち込んだ結果、ポアッソン仮定の累積からガンマ分布が出てくることが、こちらの記事とそれにつながってきた一連の記事やこちらの記事に書いた 一方、マルチプルテスティングで出てくる、小さなｐ値の分布がとる分布が二項分布から…

昨日の続き こちらやこちらの記事を参考にする N個の一様乱数でa未満の乱数がk-1個である確率 それの微分がN個の一様乱数で第k番目に小さい乱数の値がaである確率 これをＲで、行列やapply()を使ってコンパクトに計算してプロットする # カットオフp値はベク…

たくさんのｐ値を均一分布から発生させる k個のp値の最小値の期待値がであることの確認 N<-10000 k<-5 Xs<-matrix(runif(N*k),N,k) Mins<-apply(Xs,1,min) mean(Mins) 1/(k+1) k個のp値のうちのi番目に小さい値の期待値がであることの確認 N<-1000 k<-10 Xs<…