日英の用語のどちらも、用いられている単語が少なく、それらを組み合わせて使っているのでわかりにくい。わかりにくいだけでなく相互にオーバーラップした定義になっていることも多いさらにわかりにくい。すっきり定義するとうそが入ることは承知の上で、自…

進化的計算(Wikiはこちら)のひとつである、Grammatical evolutionを用いて、クロスバリデーションをしながら、膨大なG x G interactionsの中から、強い関係のそれを見つける手法が新規手法の紹介があった。MDRのDr. Lichieのラボから。 Grammatical evolutio…

250を越える投稿(たぶん252)があり、眼を通すだけで大変。 グループに分類してそれなりのまとまりを出すのはかなりの難業であり、オーガナイザーの苦労がしのばれるし、分類に完璧に成功することは期待するべきではないと思うが、それでも、分類のされかたか…

フロリダ半島のメキシコ湾側のまち、TampaでGenetic Analysis Workshop 15 (GAW15)が11月13日から15日の日程で開催されている。開催側のサイトはこちら。 クローズドなワークショップで、提示問題の発表者のみが参加できる形式である。今年の問題は３題あり…

多変量が作る多次元空間において確率密度を考えるとき、データは多変量の非直交基底によって位置づけられる。多次元球の点の広がりは、球の立体角で捉えることが可能で、立体角は多次元空間中のベクトルの内積・外積(等)によって算出される。また、立体角は…

グラフG=(V,E)がある。今、Vの部分集合Wを考える。Vの要素のすべてがWの要素であるか、もしくは、Wの要素のどれかひとつに隣接しているとき、WをGの支配集合と言う。 グラフGの頂点の数をnとする。n個の頂点の次数(接続する辺の数)の最小数(Gの最低次数)をp …

こんなページ

まだ、どう使うかわからないけれど、離散空間での、データ細分化、縮尺付き場合わけ、とかには、ファレイ数列、および、その関連図であるStern-Brocot treeがある・・・。 ファレイ数列の再帰的性質とそのアルゴリズムについては、 アルゴリズム・サイエンス…

ケース・コントロール標本が、M個の均質亜集団から、非均等にサンプリングされたとする。 それぞれの亜集団のコントロール集団におけるリスクアレルの頻度をとする。 それぞれの亜集団のケース集団におけるリスクアレル頻度をとする。リスクアレルが第i番目…

単体は、パスカルの３角形の先にあるような存在で、組み合わせについて考えるときの道具として有用。 Wikiのこちらのページや、こちらのページなど。

共役事前分布なるものが存在し、それによって、事前確率→事後確率→事前確率→事後確率→・・・というプロセスを単純に取り扱うことができることを示した。この事前確率・事後確率はベイズの考え方であるが、このベイズの考え方が、ベータ関数・ディリクレ関数…

多項分布は２項分布を一般化したものである。ディリクレ分布はベータ分布を一般化したものである。２項分布とベータ分布の関係は、多項分布とディリクレ分布にもあてはまる。 多項分布 N回の独立事象により、なる確率分布にて、なる観測度数が得られる確率は…

Rでやれば 確率pで起きる事象をn=a+b回実施して、a回起きる確率は dbinom(a,n,p) #もしくは choose(n,a)*p^a*(1-p)^b 他方、n回試行して、a回成功したときの、成功確率をpとみなしたときの尤度は dbeta(p,a+1,b+1)/(n+1) であって、等しい 尤度なので、の範…

２項分布 Aかaかのどちらか片方が確率P(A)、P(a)（;P(A)+P(a)=1)で起きるとする。このような事象がN回、独立に起きるときに、Aがn(A)回、aがN(a)回（;N(A)+N(a)=N)、起きる確率(;２項確率)は次の式で与えられる を満たしている。 AがN(A)回おきるので、同様…

アッセイ手法の総説 Nature Reviews Genetics 7, 632-644 (August 2006) Highly parallel genomic assays. Jian-Bing Fan, Mark S. Chee and Kevin L. Gunderson

○オーム解析データのフォーマットがばらばらなのは、かなりの苦痛だ。どのフォーマットも、もちろん、データを格納できているので、了解可能であるし、相互に変換可能である。しかしながら、可能だからと言って、それをやりたいかどうかは話しが別。どの程度…

カタログ 引用文献はこちら Computer programs for population genetics data analysis: a survival guide. Laurent Excoffier and Gerald Heckel Nature Reviews Genetics 7, 745-758 (October 2006) Nature reviews genetics本文へのアクセスがあるなら次…

分類・呼称 MicroscopicとSubmicroscopic Microscopic(顕微鏡で観察される) 形態の違い Aneuproidies(異数性) Rearrangements(転位) 染色体サイズバリエーション 第２次狭窄(secondary constriction) 末端動原体(acrocentric chromosome) 染色バンド像の違い…

Nature Reviews Genetics 7, 537-551 (July 2006) Genetic defects in the human glycome Hudson H. Freeze 糖鎖代謝異常で糖鎖抗原に対する自己抗体も・・・

Nature Reviews Genetics 7, 577-584 (July 2006) Opinion: First among equals: competition between genetically identical cells Anupama Khare and Gad Shaulsky

Rassoulzadegan, M. et al. RNA-mediated non-mendelian inheritance of an epigenetic change in the mouse. Nature 441, 469–474 (2006)

概説 Nature Reviews Genetics 7, 475-482 (June 2006) Opinion: The principles of guiding by RNA: chimeric RNA–protein enzymes Alexander Hüttenhofer and Peter Schattner 新クラスMIWI,MILI Aravin, A. & Gaidatzis, D. et al. A novel class of smal…

Fisher, S. et al. Conservation of RET regulatory function from human to zebrafish without sequence similarity. Science 23 March 2006

硬いエピジェネティック遺伝とやわらかいエピジェネティック遺伝。やわらかいほうは、環境要因などで変化しうる。 Nature Reviews Genetics 7, 395-401 (May 2006) Opinion: Inherited epigenetic variation — revisiting soft inheritance Eric J. Richards…

リーシュマニア症のマウスモデルで特定された感受性遺伝子は、疾病初期のリスクをもたらすもの、疾病後期のリスクをもたらすもの、リーシュマニア症以外の感染症感受性とオーバーラップするものなどから構成され、その数は20を越える。 感染症感受性遺伝子、…

転写因子の結合度(wet)をもとにエンハンサー領域・エンハンサー配列を同定するin silico手法Hallikas, O. & Palin, K. et al. Genome-wide prediction of mammalian enhancers based on analysis of transcription-factor binding affinity. Cell 124, 47–59…

スプライソソームと進化 Nature Reviews Genetics 7, 211-221 (March 2006) The evolution of spliceosomal introns: patterns, puzzles and progress Scott William Roy and Walter Gilbert オールターナティブスプライシングと進化 Alternative splicing a…

１次元は、１本の配列としてのゲノム上のアイテムの登録とそれについての属性標記 ２次元は、ゲノム上に配されたアイテム間の相互作用 ３次元は、ゲノムの立体構造を反映してゲノム上の位置同士の相互作用を反映 ４次元は、３次元立体構造の時間的変化を考慮…

羊の3'UTR SNPがmiRNA標的を壊すことで機能性多型となっている Clop, A. et al. A mutation revealing a potential illegitimate miRNA target site in the myostatin gene is a quantitative trait nucleotide with major effect on mascularity in sheep. …