薬のハンドリングの面倒くささ、薬の副作用との関連の面倒くささは、色々な場面で気にすることではありますが、こんなニュースがありました。 『世界中の医薬品名とその主成分を厳密に関連づけたり、日本語に翻訳したりして、簡単に検索できるシステム』(記…

『ゲノム疫学のためのバイオインフォマティクス』(こちら)の冒頭"ゲノム疫学オーバービュー"→こちら

Translational Genomics Pipeline: From Populations to Individuals 18-21 June 2012 Wellcome Trust Conference Centre, Wellcome Trust Genome Campus, Hinxton, Cambridge, UK.(こちら)の仮プログラム - Provisional Programme Monday 18 June 2012 Sess…

こちらから 単語がわかっているときにその意味を引く→単語辞書 意味を表す単語が知りたい→逆引き 語学の場合は、 不得意語の文意を取りたいとき(英文和訳)に、不得意語の単語を特異語で説明している辞書(英和辞書)で調べる 得意語でどう言うかがわかっている…

こちらの講義を聴いた NCBIの各種データベースをゲノム・トランスクリプトーム・プロテオーム・メタボローム・フェノームに層別化して鳥瞰するものだった 利用上の「感覚」を身につけようというコンセプトだった 入口がEntrez NCBIだけでなく、あるコンセプ…

データがあったときに、そこに何を見るか。この点に関して複数の人の間で共有しようというのが、データの解釈・データマイニング。 それを『統計』と言うことも。 『統計は難しい』と言うとき、２つの難しさがあるのかもしれない。 （１）データがあって、そ…

こちら(とこちら)から 学生さんに格安バイトを提供することで、バイオインフォマティクスの裾野を広げているらしい この方式で統計遺伝学の裾野も広がるのだろうか 試しに募集してみることにする 興味のある方はこちらをどうぞ

先日、友人と教育で伝えられるものについて話す機会があった 自分で意見をまとめて言えること(と(他人の)意見を理解できること)の訓練が大学(院)教育なのでは、ということになった さて。 講義・演習は、知識と知的技術の伝達 知識は、命題で伝えるもの 知的…

自分がやっていること・やりたいことが何なのかは、わかっているようで、わかりにくい わかり易く説明してみようと試みることで見えることがある これまでの試み(この勉強会の位置づけも同じ) 遺伝学における形質のとらえ方 『似ているかどうかの数学』(こち…

こちらから ハイスループットなプロジェクトでは、データの管理・保全が非常に重要で、これに成功するかどうかが運命の分かれ道と言える。これに成功すれば、分業体制を敷いて、全体像を了解していないヒトも重要で大きな役割を果たすことができる。これに失…

今日と明日はジュニアキャンパス 中学生と確率的なことをするゼミ 当日まで、資料にバグがあったりして、大変… ゼミ『信じられないほどめずらしい』に関するページ→こちら 絵にした情報で、まとまりの良さや全体的な傾向にスカラー値を与えるという作業を１…

ゲノムやオミックス・バイオマーカーなどを用いた経時的情報収集・疫学の遂行のための専門員が学ぶことになるだろう内容・範囲は何かと考えた 思いつくままに挙げてみる ▲は自分が教えたり資料を作ったりしたことが「ゼロではない」内容 ■は大学・大学院で正…

マイオーシスはmeiosis、マイトーシスはmitosis 同じ「マイ」でも、綴りが違う どう、違う？と話題になった meio- 半分、中央、平均 mean, medium,median http://www.babylon.com/definition/meio/Japanese:titel=こちら mito- 糸 有糸分裂、ミトコンドリア …

公共データ(オミックス系)で、お試しデータセットを探している Bioproject(こちら) その使い方動画サイト(こちら) Rのdatasets パッケージの中は help(package="datasets") Rのパッケージfarawayはオミックスではないけれども、多彩なデータセット

統計学分野の教育課程編成上の参照基準というのがあるそうだ 臨床医学なら医学・薬学分野(こちら)が相当するだろう 基礎医学なら・・・と思ったが、「数理科学分野(こちら)」は、「生命基礎科学」向けではなく、かといって、「医学・薬学分野」で実験関係の…

Goecks, J., A. Nekrutenko, et al. (2010). Genome Biol. 11: R86. ３要素 Accessibility Reproducibility Transparency(これについてはこの記事では扱わない) Accessibilityについて プログラミング・情報学系のスキルが必要 ツールをインストールできなく…

原書・原著論文を調べて、対応する英単語を見つける 解析の仕方が同じ先行研究があるなら、これが一番 日本語の統計用語から英語を見つける場合 Wikipediaならば、日本語の記事の左側に、各国語の記事へのリンクがあるので、そのリンクを使う t検定の日本語…

『言葉は力』 どこかで耳にした単語・目にした単語があるはず。それをたよりに探し始める そのためには、「ぱっと」見て、自分の捜し物に「近いか遠いか」の判断が素早くできる情報ソースを持つことが大事 たとえば、「用語の一覧に目を通す(ア・カ・サ…を開…

エクセルは「スプレッドシート」 行があって、列がある データの処理は、「行に関して」行ったり、「列に関して」行ったりする 「行(または列)に関して行う」とは、「複数の値の並び」を対象にして処理をすること Rで「複数の値の並び」を「ベクトル」と言う…

使えるための条件 （１）やりたいことがなんなのか、わかっている （２）そのやり方がわかっている 「電卓〜関数電卓〜データ処理アプリケーション(Rを含む)」が『うまく使えない』と感じたら、次の３つの場合のどれですか？ 場合１：条件（１）が満足されて…

インターネットへの接続を前提として講義をするとする ブログ上に骨格を書いて、適宜リンクを張っておいて講義スライドとしてしまおう preziもよいけれど、ブログの方が慣れているから

ラボローテーションという制度がある こちら 基礎医学研究者養成とリンクした制度 ６か月で「情報系医学」のなんたるかをとらえる？ ６か月で「遺伝統計学」「統計遺伝学」を理解する？ 医学の「（数理的）周辺領域」を開拓する姿勢を把握する？ さて。「遺…

研究テーマとは別に、学部生のために提供できることを３つに分ける 統計学の基礎事項の習得。よくある実験データの集計・理解をＲを使ってやってみる たとえば、実習データの処理（こちらとか） （こちらとか） プログラミングの基礎 関数を作ってみる（こち…

今年度も（多分）ある、中学生向けの企画こんな企画 昨年度はこんな感じ 今年度はこんな感じの予定 提供側の課題は「わかりやすさ」 そのためのネタのメモ 事前確率を共有した上で、出現配列の珍しさの「体感値」を「長さや比率」で口にしてみる。他人のそれ…

こちら 子供の性別 男女 0.5,0.5 # 子供の性別 Nc<-1:10 Niter<-1000 MF<-c("男","女") D<-NULL for(i in 1:length(Nc)){ D[[i]]<-matrix(sample(MF,Nc[i]*Niter,replace=TRUE),nrow=Niter) } print(D[[3]][1:10,]) > print(D[[3]][1:10,]) [,1] [,2] [,3] […

理性の限界――不可能性・不確定性・不完全性 (講談社現代新書)作者: 高橋昌一郎出版社/メーカー: 講談社発売日: 2008/06/17メディア: 新書購入: 56人 クリック: 299回この商品を含むブログ (177件) を見る 以下を扱っている アローの不可能性定理 ハイゼンベ…

地震予知に関するNatureへの投稿Letter(こちら)の末尾は"... research ... must be soundly based on physics, impartially reviewed, ..."と締めくくられています。 "Impartial","Impartiality","Impartially"という単語、自分では使わないので気になりまし…

テキストはこれにすることに確定 Applied Statistical Genetics with R: For Population-based Association Studies (Use R!)作者: Andrea S. Foulkes出版社/メーカー: Springer New York発売日: 2009/05/06メディア: ペーパーバック購入: 4人 クリック: 67…

ドイツの友人から、こんなサイトを紹介されました。 研究環境について、復興も大切だけれども、退避する必要のある人もあるかもしれない。 いずれにせよ、情報はあって損はないので。 ドイツから研究者向けの支援プロジェクトのポータルサイト(こちら)

教科書を読むことは非常に勉強になる Essential Cell Biology作者: Bruce Alberts,Dennis Bray,Karen Hopkin,Alexander D Johnson,Alexander Johnson,Julian Lewis,Martin Raff,Keith Roberts,Peter Walter出版社/メーカー: Garland Science発売日: 2009/04/…