グラフ上のあるノードからスタートし、隣接するノードを『訪問』する。『訪問中』のノードからさらに訪問可能なノードを『訪問』し、『訪問先』がなくなるまで続け、なくなったら、『訪問先』探索をまだ済ませていない『訪問中』のノードについて同様の処理…

V個のノードについて、それが隣接するノードをリストに列挙する方法。無向グラフの場合には、隣接ノードの種類は１つであり、１エッジの読み込みにつき、２つの端ノードの両方について、隣接ノードを追加し、有向グラフの場合には、隣接ノードの種類は２種類…

V個のノードを持つグラフにおいて、V行V列の行列によってエッジのありなしを表現する方法。エッジに重み(距離など)がない場合にはブール値。無向グラフの場合は、有向グラフの場合は、。対角成分は、trueで統一するかfalseで統一するか、用途により使い分け…

グラフはノードとエッジという２つのパラメータを持つ点が、グラフ構造に関するアルゴリズムの検討に影響する。ノードとエッジの数をそれぞれV,Eとすると、EがVに比べ比較的少ないグラフを疎グラフ(sparse graph)、EがVに比べ比較的多いグラフを密グラフ(den…

量的形質(Quantitative) ２分形質(Dichotomous)・悉無的形質(All-or-none)・離散的形質(Categorical)

分離比(Segregation ratio) 遺伝性形質が観測される家系における患児の比率のこと。常染色体劣性遺伝形質の場合には となる 遺伝様式不明な形質において分離比を解析するということ その意味 非メンデル遺伝形質における、多遺伝子性・少数遺伝子性の弁別、…

疾患の家族集積性の調査により、集団での発症率・・遺伝率とが得られる。それらの関係には次のようなことが言える。 遺伝率が高いほども高い 同胞間では、遺伝因子の同一性が なので、単一遺伝氏病の場合には、遺伝率が１となるが、因子数が１よりも大きいと…

多因子遺伝形質は、量的連続分布を示す 多くの形質は、不連続形質(ケースかコントロールか)である 遺伝因子レベルでは多因子であるものが、形質レベルでは不連続形質であるときに、遺伝因子が作る連続分布に閾値があって、その上下で形質が決定されるとする…

多因子遺伝形質の遺伝要因の度合いの指標 集団中の形質の分布は、遺伝要因と環境要因との影響の合算である したがって、形質の分布は、遺伝要因がもたらす形質の分布と環境要因がもたらす形質の分布とに分けられる 今、多因子遺伝形質が上記のような正規分布…

複数のローカスが関与する 複数のローカスのアレルがランダムメイティングしているとき、かつ、ローカスが相互に独立なとき 複数ローカス複合ジェノタイプは『極端(多重ホモ)』が少ない、正規分布化を示す ジェノタイプとフェノタイプは『平均へ回帰する』 …

疾患の家族内集積の度合いの指標 疾患が遺伝性を有することの必要条件は、その疾患が家族内集積性を有することである 家族集積性があっても環境要因による場合もあるので、必要十分条件ではない 患者を有する家系における罹患危険率と、一般集団の罹患危険率…

拡張 １．ARGの分割処理 WF_ARGのグラフ描図において、ノードは個々の染色体もしくは、集団中のハプロタイプを示している。この表現は、前者がIBD(Identitiy by Decent)、後者がIBS(Identity by Status)的な表現とも言える。そのねじれ具合を観測DNA線分全体…

アプリケーション公開先はこちら 目次 概要 入手手順 実行手順 出力概要 追記(11/16/2005)

FIG_GのSVGビューア版。"FIG_S"以下に出力される FIG_G_individual.gml → FIG_S_individual.svg FIG_G_hapfreqAll.gml → FIG_S_hapfreqAll.svg FIG_G_hapfreq.gml → FIG_S_hapfreq.svg

WF_ARGアプリケーションでシミュレーション起動時に立ち上がるVGJウィンドウのメニューバー FileからOpen(GML)を選び、該当gmlファイルを指定する。左から右に向かって世代が進む。描図にあたって、京大医学研究科ゲノム医学センターのウェブサーバ上の画像…

ファイルにおいて、染色体もしくはハプロタイプはタブ区切りの２数で表される。"3 13"は第３世代の第13番染色体(もしくはプロタイプ)を示す 全12ファイルが"GRAPH"以下に出力される 染色体の伝達関係の６ファイルとハプロタイプの伝達関係の６ファイル chxxx…

全11ファイルが"DATA"以下に出力される 主要ファイル ch_lastgen.txt シミュレーションの結果、生じる、最終世代の個々の染色体上のSNPアレルについて hp_all_xxxx.txt シミュレーションの実行変数 シミュレーションで生じるハプロタイプの頻度とそのSNPアレ…

複数のファイルは４群に分けられる。４群のファイルはそれぞれ、４つのディレクトリ"DATA" "GRAPH" "FIG_G" "FIG_S"に出力される ４群のファイルは２種類に分けられる シミュレーションの経過と最終世代のハプロタイプに関する情報を持つファイルとの2種類で…

jarファイルからアプリケーションを起動(ファイルのダブルクリック)する "Menu"ウィンドウ ３つのボタン 第１ボタン Wight Fisherモデルに基づくシミュレーションを実行するボタン 実行に際し、パラメタを指定するための"Input parameters"ウィンドウが立ち…

京都大学大学院医学研究科附属ゲノム医学センターのサイトよりjarファイル(実行可能形式ファイル)にてダウンロードします。 WF-ARGアプリケーションのソースは、オープンソースアプリケーション"VGJ(GNU General Public License, Version 2*1 に基づくオープ…

均一ハプロタイプ集団からWight Fisherモデルに基づき指定世代のシミュレーションを実行し、その経過をARGとして描図するとともに、シミュレーションの経過と最終データをファイル出力する Wright Fisherモデルについての記事はこちらおよび、こちらも Ances…

ペプチド上のあるアミノ酸の保存のよさを算出するときに、収集可能な類似配列を集め、それらに重み付けをしないで用いると、収集ペプチド配列のバイアス(研究の進んでいる配列とその関連配列群は多く収集され、そうでない配列は登録さえされていないので集ま…

SIFT:Sorts Intolerant From Tolerant amino acid substitutions １アミノ酸置換が及ぼすペプチド機能への影響を予測し、指標化したもの。類似ペプチド配列を集め、それをアラインメントした後、当該ペプチド配列中の当該アミノ酸置換が、アラインメントされ…

分子進化を考慮するにあたり、ある分子をコードしている遺伝子のコーディング領域に存在する変異・多型について、次の値を算出することで、その遺伝子のペプチド配列の保存性のよさ・ペプチド配列の保存の重要性の指標とする。 synonimous amino acid substi…