2011-01-01から1年間の記事一覧
こちらで体細胞モザイクのことを書いた こちらで複合遺伝性疾患の説明をするためにも、少し言及する(予定) もう少し一般的に、変異・機能発現について一般化して考えようと思う 個体のゲノム (1) 個体としてのヒトができる前の段階に２つの配偶子がある(ハプ…
自分がやっていること・やりたいことが何なのかは、わかっているようで、わかりにくい わかり易く説明してみようと試みることで見えることがある これまでの試み(この勉強会の位置づけも同じ) 遺伝学における形質のとらえ方 『似ているかどうかの数学』(こち…
Lectures on Algebraic Statistics (Oberwolfach Seminars)作者: Mathias Drton,Bernd Sturmfels,Seth Sullivant出版社/メーカー: Birkhauser Basel発売日: 2008/12/10メディア: ペーパーバック クリック: 18回この商品を含むブログ (2件) を見る 駆け足で読…
単調増加の検出と比較の目次 前までの記事で、単調減少(増加)へのあてはめが、順序・半順序を問わずできるようになった さて、これを、多件数に実施して、それらを一塊として評価することを考えよう IsoGeneパッケージは、「順序」の場合のIsotonic programm…
単調増加の検出と比較の目次 さて、実際にRに実装されているパッケージ・関数でやってみよう 最小化されるべき関数をとする 制約は、に関する等式と不等式とで表される 等式で表される制約meと不等式で表される制約mとがあって、併せてM=me+mとする 今回の例…
単調増加の検出と比較の目次 ２次計画問題は、最適化問題(こちら)のうちの一つで、目的関数が2次式で定義され、制約条件の集合が一次等式と一次不等式とを合わせたものによって定義されているもの isotonic programming は前の記事で書いたように なるN個の…
単調増加の検出と比較の目次 Isotonic regressionのWikiはこちら 順序・半順序にあるN個の要素に、実数を当てはめたい N個の要素には順序・半順序があり、はこの順序・半順序を満足することとする 実際には、N個のそれぞれの要素には、観測値があって、その…
単調増加の検出と比較の目次 順序・半順序は、ペアワイズに関係が定められるかのルール この関係は、対称的ではない。 対称的ではないペアワイズな関係は、有向グラフになる 今、であるときに、からへと向かう辺があるとすると、をノードとする有向グラフを…
単調増加の検出と比較の目次 ある１本の容量反応曲線では、のように個の容量において、と個の値があり、それが、直線状になったり、曲線状になったりするが、(原則として)単調減少(増加)する。単調でない場合は、特殊な効果のこと(ホルミシス効果(こちら))な…
単調増加の検出と比較の目次 こちらが発端 容量反応曲線を扱っている 複数のデータ点があって、それが、単調減少しているかどうかの判定がしたい 実際には、２本の容量反応曲線があって、２本が単調減少しており、１本はもう１本の上側には来ない(等しいか下…
単調増加の検出と比較の目次 序 こちらでpava()関数について書いた そもそも、一様増加(減少)を(発現解析のために)検出することが発端だった(こちら) isotonic regressionと、全順序・半順序のこと、isotonic regressionと不等式制約のこと、それが２次計画…
こちらのトークは、先輩から「どんどん哲学的になっていく」とやんわりと批判された ここで言う「哲学的」というのは、「具体性に乏しい」ということでもあり「定性的」ということでもあるだろうか 比較的「文系寄り」の院生を対象とした講義では、あえて、…
こちらで鑑別診断をしている 進め方に気付くことがある 「定性」をして「定量」をする 何かがあるかないかを判定するために「定性」的判断をする 問診でもよいし、身体所見でもよいし、検査でもよい 「定性」にて「あり」となったら、「定量」評価をして、程…
こちらに、小児自己炎症性疾患CINCA症候群(Genetic and Rare Diseases Information Center (NIH),OMIM)が、その原因遺伝子に関する体細胞モザイク(ヘテロモザイク)を原因として発生することが報告されている メンデルの遺伝では「劣性」「優性」とあり、それ…
診断と予後予測に関する３つの話題 判断の支援 判断の支援と情報 事前確率・事後確率、ベイズの定理 因 と 果 とをつなぐ 射影して情報が劣化する 情報の次元 微分と積分 線形ではない予測のために - 診断とは、個人の状態に「診断名」というカテゴリカルラ…
皮膚のフェノタイプについて以前に、メモした(こちら) 関節リウマチのフェノタイプについて議論する機会があった(こちら) 複合遺伝性疾患の遺伝因子解析について、フェノタイプをどう扱っていきたいか、という点で、メモしなおそう 診断のあり、なし、という…
こちらの記事でIsoGenenによる容量反応曲線解析について書いた このパッケージでの回帰はfortranのpavaを使っているという Rにはisotoneパッケージもある pava: pool-adjacent-violators algorithmはisotonic regressionの一つという それぞれの資料はこちら…
こちらの続き こんな状況を考える 夕闇迫るある日、「泥棒！」という叫び声とともに走り去る後姿が そこは、ある小学校の前の道だった 小学校には下校しようとしていた複数の小学生がいた 目撃者情報を募ったところ 走り去ったのは男だった、という意見が６…
こちらの続き：用量反応を見るとする こちらにIsoGeneというRのパッケージの論文がある マイクロアレイのデータで、薬を振りかけて、用量依存に発現量が動くかどうかを大規模・マルチプルテスティングの枠組みで調べよう、いくつかの統計量があるから、ひと…
個体レベルのフェノタイプ 化学毒物の用量反応曲線を考える 投与毒物量と個体レベルのフェノタイプ(発癌箇所数)に関する３つのモデルを考えよう(参考：こちら) 閾値モデル 閾値なしモデル ホルミシス効果モデル ここでのフェノタイプは、「分子レベル・細胞…
この記事を、ROCの関連であると読めば、こちらの続き また、この記事を、大量のデータが臨床機関にストックしてあって、それを診断応用するという視点からは、こちらの続きでもある いずれにしろ、検査をして、診断に活かす話(こちら) 疾患陰性のときにある…
こちらから 診断基準というものを使って、診断することがある もっとも単純には、N個の項目を立て、そのうちn項目が陽性ならば、その疾患であると診断しよう、というようなものである ここで、さらなる単純化をして、N項目について、「真に疾患であるときの…
検査値が連続的 それを見て、陽性・陰性に判定を分けたい 感度・特異度 PPV・NPV 陽性・陰性の２値に分けてしまうと、「どっちつかず」の部分の情報がもったいない 陽性確率p、陰性確率1-pのように出てくると、ある意味、便利 Rでは、ROCRパッケージなど(こ…
実験技術の大規模化が進み、ハイスループットデータというものがそこらじゅうにある ハイスループットデータは、データ量が多いだけに、小さなバイアスが「確定的な結論」をミスリーディングする可能性が高い おのずと、データのクオリティコントロールが重…
